Cuando venis codeando durante mucho tiempo de una forma, respetando esos estandares que leiste por ahi, o que te parecio mejor implementar, o simplemente en tu trabajo te dijeron es asi, te acostumbras y mucho. Por eso me parecio excelente la herramienta para formatear codigo en Zend Studio for eclipse.

No se si PDT, u otros eclipses lo tienen, pero en ZSE anda muy bien, y tiene como atajo, ctrl + shift + f.

La idea es la siguiente, creas desde el menu vas a windows->preferences…->PHP->Formatter.  Ahi vas a tener la siguiente info.

Aca tenemos una vista previa de como quedaria nuestro codigo si aplicamos el formato de codigo. Por default ZSE no elige como default el profile de Zend Framework, pero podemos activarlo seleccionandolo desde active profile, una vez seleccionado Apply, Ok, y ctrl + shift + f, y vamos a poder formatear nuestro codigo bajo la convencion de Zend

Ademas como herramienta extra podemos editar y crear nuestras propias convenciones, exportar e importar las configuraciones, a xml.
Hay algunas cosas que no me gustaba como quedaban y decidi editarlas, para hacerlas mas claras. Por ejemplo, con la configuracion default de Zend Framework cada vez que escribo un metodo, funcion, o cualquier cosa que lleve parentesis, todo el contenido me lo deja pegado, y a mi me gusta que le deje un espacio, lo mismo para el igual y dentro de los corchetes.  Esto y algunas cositas mas, y ahora quedo casi perfecto.

Comparto con ustedes el xml, si lo mejoran me avisan.

Descarga | code_convenction.xml